永磁同步電主軸轉速對其自身的振動影響較大，一般來說，隨著電主軸轉速的提高，振動逐漸增大，隨著電主軸轉速的提高,振動逐漸增大，而且電主軸前端振動普遍要高于后端振動，其原因是前端安裝了砂輪接桿，振動相對會加劇。電主軸生產廠家說說影響電主軸振動特性的因素
　　影響電主軸振動的因素頗多，但就其自身而言，主要有三項:電主軸的諧振現象、電主軸的電磁振蕩、電主軸的機械振動。
　　(1)電主軸的諧振現象。因為物體都具有自身的固有有頻率，電主軸本身也不例外。當電主軸的工作轉速對應的頻率與其自身固身有頻率重合時，該主軸將在此頻率下產生共振。共振直接影響電主軸的正常運行和軸承的使用壽命，嚴重的共振現象甚至會破壞電主軸的機械結構，使電主抽工作壽命急劇下降，同時也使整臺設備失去穩定的工作狀態。為此，對不同型號的高速電主軸進行嚴格的轉子動力學分析，找出該型號電主軸軸系的一階、二階固有頻率，從而使與電主軸的常用工作轉速對應的頻率范圍遠離其固有頻率，此時的軸系稱為剛性軸系。
　　(2)電主軸的電磁振動。首先，電主軸的電動機由于機械加工誤差等原因，其定子與轉子間的氣隙不可能做到均衡。由于定子、轉子之間空氣隙長度的不等，定子、轉子之間在電磁場的作用下會產生單邊電磁拉力。研究表明，此電磁拉力是電主軸產生電磁振動的主要成因之一。因此，提高電主軸的電動機制造精度對削弱電磁振蕩是十分必要的。驅動控制器的供電品質以及驅動控制器與電主軸的匹配是否合理，是產生電磁振動的另一個重要原因。
　　(3)電主軸的機械振動。電主軸高速運行時，由偏心質量產生的機械振動是軸系振動的主要成分之一。高速運行時，任何微小的不平衡質量都將引起電主軸不同程度的機械振動。因此，電主軸的轉軸要進行嚴格的動平衡。